عقد تقاهم­ نامه یکی از راه­های توسعه علمی دانشگاه­، افزایش خدمات آموزش و پژوهشی و ارائه ظرفیت­های علمی دانشگاه به سایر دانشگاه­ها و مراکز آموزش عالی کشورهای جهان و بهره­مندی از امکانات و خدمات متقابل است. تفاهم نامه­ های منعقده بین دانشگاه و طرف خارجی در قالب همکاری­های مشترک در زمینه آموزشی، پروژه­شهای مشترک تحقیقاتی کاربردی، تبادل استاد و دانشجو و خدمات آزمایشگاهی خواهد بود.
دانشگاه مراغه در طی سالیان تفاهم ­نامه­ های علمی بین­ المللی زیر را با موسسات و دانشگاههای کشورهایی مانند ایتالیا، برزیل، آذربایجان، ترکیه، قبرس، چین و پاکستان امضا نموده است.
 
 
   
Azerbaijan
- Joint Ukraine-Azerbaijan International Research and Education Center of Nanobiotechnology and Functional Nanosystem
- Baku State University
- Khazar University

Brazil
- State University of Londrina
 
Italy
- University of Catania
- University of Camerino

Turkey
- Middle East Technical University
- Nigde University Omer Halisdemir 
- Erzurum Technical University
- Igdir University
Republic of Cyprus
- University of Technology Cyprus
 
China
- Agricultural and Forestry University Fijian
- Nanjing university of aeronautics and astronautics
 
Pakistan
- Bahauddin Zakariya University